Zanifar on fongoidiplaneetta Korthos-sektorilla, Polaris-galaksissa. Se on talvisin kylmä ja luminen, mutta kesäisin lämmin ja siellä saattaa esiintyä ukkosmyrsykä. Zanifar on planeetta, jonne Dr. Nefarious syöksyi asteroidillaan. Huijattuaan fongoideja rakentamaan Tomblin vartioaseman, hän lukitsi heidät eristys leireille. Siitä tuli hänen joukkojensa valmistus asema.
Ennen Nefariousia Zanifaria pidettiin kuumimpana bilepaikkana ja Zanifar olikin suosituin kevään viettopaikka. Kun Nefarious saapui planeetalle, hän lopetti bileperinteet ja suostutteli planeetan rauhaiset asukkaat rakentamaan ensimmäistä tukikohtaansa. Kukaan ei vieläkään tiedä, miten hän onnistui siinä.
A Crack In Time[]
"Sinun täytyy mennä Zanifariin ja kohdata Nefarious"
- Clank
"Zanifariin? Tohtori Nefarious ei ole astunut sinne kivelle pariin vuoteen asemansa valmistauduttua."
Kun Ratchet ja Alister Azimuth saivat yhteyden Clankiin, tämä pyysi heitä menemään Zanifariin pelastamaan Orvus tohtori Nefariousilta ja loi Sigmundin kanssa aikaportaalin Orvusin ja Nefariousin tapaamiseen.
Zanifarilla Ratchet törmäsi fongoideihin, jotka kertoivat olevansa vangittuna eristysleirillä Nefariousin toimesta. Ratchet suuntasi vartiotornille ja vapautti fongoidit sammuttamalla eristyskentän. Seuraavaksi hän meni aikaportaalista ja pääsi fongoidien kylään kahden vuoden taakse. Siellä jokainen fongoidi oli aivopesty ja ylisitivät Nefariousia Orvuksen sijaan. Ratchet kysyi eräältä fongoidilta miten päästä sisään rakennukseen, jossa Nefarious on. Fongoidin mukaan sinne ei päässyt, sillä vintturinkampi oli ruostunut eikä siltaa pystynyt laskemaan. Tämän jälkeen Ratchet istutti köynnöstensiemeniä ja palasi nykyaikaan.
Nykyajassa hän pääsi köynnösten avulla öljynporauslautalle, josta hän sai nestetykkinsä avulla öljyä. Sitten Ratchet palasi takaisin nykyhetkeen, öljysi vintturinkammen ja laittoi sillan paikoilleen. Päästyään sisään vartioasemalle Ratchet löytää Nefariouksen tämän kätyreiden kanssa puhuttelemassa Orvusia, joka sanoo ettei aio kertoa kammionsa sijaintia, sillä Suuri kello ei ole aikakone. Nefarious raivostuu ja käyttää hyperääni-aivoaaltosekoitinta Orvusiin. Sitten Orvus katoaa ja Nefariousin terachnoidi-kätyri avaa kuvat Orvusin tietopankeista, josta löytyy kuva Clankista. Ratchet paljastaa itsensä hämmästyksellään ja pakenee paikalta rikkoen samalla Nefariouksen toisen silmän.