VX-99 toisella nimellä VX-99 leijutroni oli todella suuri, noin pilvenpiirtäjän kokoinen Tohtori Nefariousin tuhokone, joka oli luotu Nefariousin Avaruusasemalla. Se oli pelin Ratchet & Clank: A Crack In Time ensimmäinen vain kerran esiintyvä bossi, ja se esiintyykin vain kyseisessä pelissä, planeetta Terachnosilla.
Sen runko oli tehty harvitaniumista ja siinä oli umliflax tähtäysjärjestelmä, ja se käytti puolustukseen kahdenlaisia tykkejä. Tämän koneen tarkoitus oli tuhota Ratchet ja kenraali Alister Azimuth, ja se olisi voinut tuhota myös koko Axiom Citynkin, ellei Ratchet olisi Azimuthin avustuksella ensin irrottanut lonkerot, hankkiutunut sen kupolin luo ja tuhonnut sen aivot.
Ensiksi Ratchetin piti hämätä VX-99:ää, jolloin Azimuth haki aluksensa ja ionitykeillä lamautti sen. Sitten Ratchet hyppäsi sen rungon päälle ja irroitti pulttikammella sen lonkerot, joissa olevien tykkien avulla se oli tuhonnut kaupunkia. Tykkien irtauduttua sen koko runko tuhoutui, ja se heitti Ratchetin pois kyydistään. Silloin Ratchetin piti taistella Nefariousin kätyreitä vastaan ja odottaa Azimuthia, joka heilurilaukauksen avulla sai vietyä Ratchetin VX-99:n päälle. Siellä Ratchet rikkoi sen kuvun generaattorit, jonka jälkeen Azimuth tuhosi kuvun ionitykeillään. Sitten Ratchet sai tuhottua koneen ohjauskeskuksen. Azimuth haki Ratchetin nopeasti pois jälleen heilurilaukauksella, jonka jälkeen VX-99 räjähti lopullisesti.
VX-99:n tuhoamisesta saa trophyn.