Ameeboidit (engl. Amoeboid) on limaisia, terävähampaisia vihollisia. Kun kukistat ameeboidin, sen sisältä tulee pienempiä ameeboideja. Ameeboideja on Novalis-planeetalla, Rilgarilla, Pokitarulla, Aquatosilla ja Venantoniolla. Ameeboidit ovat peräisin tohtori Nefariousin laboratorioista. Kapteeni Qwark nimitti ameeboideja "Nefariouksen lemmikeiksi".